Курс факультативных занятий «Введение в практическую биоинформатику» открывает новые возможности для всех, кто хочет погрузиться в мир биоинформатики и анализа данных. Занятия подойдут всем, кто заинтересован в изучении методов работы с генетическими данными, и не требуют предварительного опыта в биоинформатике или программировании.

В рамках курса слушатели познакомятся с основами работы в командной строке Linux, научатся писать и запускать скрипты, работать на вычислительном кластере, а также изучат основные форматы биоинформатических данных и способы их обработки.

Курс предоставит участникам базовые практические навыки, которые помогут им в дальнейшем применять современные компьютерные методы и анализировать биоинформатические данные.

Занятия начнутся 20 февраля и будут проходить по пятницам в 18:00 в аудитории 263 на кафедре генетики.
Для посещения занятий необходимо записаться: karbisheva@mail.ru (Елена Алексеевна)

Курс факультативных занятий «Машинное обучение в генетике» предоставляет слушателям прекрасную возможность освоить язык программирования Python и познакомиться с миром машинного обучения и анализом больших данных. Занятия подойдут всем, кто заинтересован в освоении новых компьютерных методов для решения прикладных генетических и биомедицинских задач.

В рамках курса слушатели изучат базовые возможности языка программирования Python, научатся писать и запускать скрипты на Python на своём компьютере и удалённом вычислительном кластере, а также освоят основные современные методы машинного обучения для анализа генетических данных.

Курс не требует предварительного опыта в программировании или машинном обучении.

Занятия начнутся 17 февраля и будут проходить по вторникам в 18:00 в аудитории 263 на кафедре генетики.
Для посещения занятий необходимо записаться: karbisheva@mail.ru (Елена Алексеевна)

В прошедшее воскресенье состоялся наш пикник. Мы отметили начало учебного года, полюбовались завершением золотой осени и уютно посидели у костра.
Спасибо всем участникам!

Приглашаем всех студентов и аспирантов кафедры генетики, а также слушателей кафедрального факультатива по биоинформатике на осенний пикник:

Дата: 20 или 27 сентября сб или 4-5 октября сб-вс (будем смотреть по погоде)
Локация: станция Дедовск Рижского направления + 40 мин пешком до красивого места в лесу (холмы и речка)
Программа: барбекю (сосиски, сыр, шампиньоны, сладкий перец, картошка) и чай на костре, обучение разведению костра из лесных материалов без спичек и зажигалки (с огнивом) для интересующихся
Пикник будет безалкогольный
Что одеть: удобную обувь и одежду попроще, которую не жалко случайно испачкать и которая потом может пахнуть костром
Что взять: кружку, влажные салфетки, сидушку, что-нибудь небольшое к столу
Как добраться: можно сесть на электричку, например, на станции Стрешнево (м. Войковская) или Тушинская (м. Тушинская). Ориентируемся электричку, которая приходит в Дедовск в 11:05 (следующая будет запасная, если задержимся). Если вы едете на метро, то удобно встретиться на ст. м. Войковская.
Проведение пикника согласовано с кафедрой генетики и одобрено.

P.S. Фотографии с нашего весеннего пикника:

Занятия по спецкурсу "Компьютерные методы в генетике" начинаются 12 сентября.
Занятия будут проходить по пятницам с 16:30 до 18:45 в аудитории 263.
Преподаватель: нс, кхн, Доценко Глеб Сергеевич.

Занятия по курсу "Биоинформатика" для иностранных учащихся начинаются 4 сентября.
Занятия будут проходить по четвергам с 17:20 до 19:05 в аудитории 263.
Преподаватель: нс, кхн, Доценко Глеб Сергеевич.

Поздравляем всех учащихся, сотрудников и преподавателей с Днём Знаний и началом учебного года!

В прошедшую субботу состоялся пикник по поводу завершения факультативного курса кафедры генетики "Введение в практическую биоинформатику".
Нам повезло с погодой, мы погуляли по красивым местам и научились делать костёр из лесных материалов без спичек и бумаги с использованием бересты, огнива и еловых веток.
Мы жарили овощи на гриле, картошку в углях, пили чай и говорили о науке, книгах, фильмах и сказках. Было очень интересно и уютно.
Благодарим всех участников!

Уважаемые слушатели!

Наш факультатив по биоинформатике завершён, и вы многому научились. На примере стандартных задач мы систематически осваивали и закрепляли базовые приёмы и подходы для работы в среде Linux и проведения анализа биоинформатических данных.

С полученными знаниями вы вполне можете работать самостоятельно и начинать решать свои научные задачи. Помните, что в биоинформатике, да и в научной работе в целом, полностью готовых рецептов не бывает, и всегда нужно думать, выдвигать и проверять гипотезы, анализировать публикации и изучать документацию к программам.

Поздравляю Вас с завершением факультатива!

Предлагаю отметить завершение факультатива выездом на пикник :))
Приглашаются все слушатели, которые были на занятиях по факультативу, спецкурсу или моих занятиях в ИОГене:

Дата: 10 мая сб (будет хорошая полгода без дождя)
Локация: станция Дедовск Рижского направления + 40 мин пешком до красивого места в лесу (холмы и речка)
Программа: барбекю (сосиски, сыр, шампиньоны, сладкий перец, картошка) и чай на костре, обучение разведению костра из лесных материалов без спичек и зажигалки (с огнивом) для интересующихся
Пикник безалкогольный :))
Что одеть: удобную обувь и одежду попроще, которую не жалко случайно испачкать и которая потом может пахнуть дымом
Что взять: кружку, влажные салфетки, сидушку, что-нибудь небольшое к столу
Как добраться: можно сесть на электричку, например, на станции Стрешнево (м. Войковская) или Тушинская (м. Тушинская). Предварительно, предлагаю электричку, которая приходит в Дедовск в 11:05. Можно встретиться на ст. м. Войковская.

P.S. Фотографии с нашего зимнего выхода

Уважаемые слушатели!

Одиннадцатое (завершающее) занятие биоинформатического факультатива состоится по расписанию (пятница, 25 апреля, 18 часов). На этом занятии мы продолжим изучать R и познакомимся с графическими возможностями этого языка программирования.

Визуализация данных для их наглядного представления в графической форме широко востребована не только в биоинформатике, но и во всех других областях, где анализируют и исследуют данные - от экономики до метеорологии. Поэтому очень важно владеть основами построения и форматирования различных диаграмм и графиков. Язык программирования R предоставляет по-настоящему обширные возможности для создания самых разных графических объектов, с которыми мы познакомимся на предстоящем занятии.

На предстоящем занятии мы научимся создавать и форматировать самые востребованные типы диаграмм, например, одномерные и двумерные диаграммы рассеяния, коробчатые диаграммы, столбиковые диаграммы, столбиковые диаграммы с накоплением, круговые диаграммы, диаграммы плотности и тепловые карты.


До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Деcятое занятие биоинформатического факультатива состоится по расписанию (пятница, 18 апреля, 18 часов). На этом занятии мы продолжим изучать R и пройдём основы работы с табличными данными с помощью пакета tidyverse.

Как вы уже поняли, многие биоинформатические задачи на завершающем этапе сводятся на анализу табличных данных. Например, на одном из занятий мы выполняли поиск и аннотацию генетических вариантов получили результаты в табличном виде. Обычно подобные данные получаются достаточно объёмными, и их невозможно загрузить в Excel. Для фильтрации полученного результата и нахождения патогенных вариантов мы применяли awk, но есть более удобные и функциональные способы работы с такими данными. Один из универсальных способов заключается в использовании специальных возможностей R. На предстоящем занятии мы научимся работать с табличными данными в R с помощью пакета tidyverse.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Девятое занятие биоинформатического факультатива состоится по расписанию (пятница, 11 апреля, 18 часов). На этом занятии мы рассмотрим основы работы с языком программирования R.

В настоящее время R является основным языком для анализа научных данных, поскольку содержит множество возможностей для обработки данных и их визуализации.

На практической части мы начнём работать в среде R.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Восьмое занятие биоинформатического факультатива состоится по расписанию (пятница, 4 апреля, 18 часов). На лекции мы будем проходить работу в геномных браузерах на примере IGV и браузера Санта-Крузского Университета (UCSC). С браузером IGV мы уже немного познакомились на прошлых практикумах, и теперь пришло время изучить его возможности более подробно.

На практической части мы будем выполнять поиск структурных генетических вариантов (инсерции, делеции, дупликации, инверсии) и изучать их в геномном браузере IGV.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Седьмое занятие по факультативу состоится по расписанию (пятница, 28 марта, 18 часов). На лекции мы продолжим разбирать основные форматы файлов в биоинформатике и продолжим наше рассмотрение bam, .bed, .gtf, .gff, .vcf форматов.

На практической части мы научимся выполнять одну из типичных биоинформатических задач - аннотацию генетических вариантов и поиск патогенных мутаций. К этому моменту мы уже умеем проводить определение генетических вариантов, поэтому пришло время научиться их аннотировать.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Шестое занятие по факультативу состоится по расписанию (пятница, 21 марта, 18 часов). На лекции мы разберём основные форматы файлов в биоинформатике (.fasta, .fastq, .bam, .vcf, .bed, .bedgraph, .gtf, .gff).

На практической части мы будем работать с этими файлами и изучать их содержимое.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Пятое занятие по факультативу состоится по расписанию (пятница, 14 марта, 18 часов). На лекции мы разберём дополнительные возможностям менеджера задач Slurm и команды для работы с программными модулями на кластере.

Поскольку мы прошли базовый подготовительный этап, то начиная с этого занятия, на практикуме мы будем выполнять анализ NGS данных ДНК человека. На предстоящем занятии мы будем выполнять картирование прочтений на референсный геном, поиск генетических вариантов (SNP) и определение митохондриальной гаплогруппы. Попутно мы научимся оценивать качество исходных данных, фильтровать исходные данные и промежуточные результаты, а также начнём знакомиться с основными форматами файлов в биоинформатике и их содержимым.

До встречи на занятии!

Поздравляем всех сотрудниц и учащихся нашей кафедры с 8 Марта!
Желаем вам весеннего настроения, тепла, заботы и всего самого наилучшего!

Уважаемые слушатели!

Четвёртое занятие по факультативу состоится по расписанию (7 марта, 18 часов). На этом занятии мы поговорим о менеджере задач Slurm, загрузке программных модулей и научимся запускать расчёт своих задач на кластере.

Slurm является одним из наиболее эффективных и часто используемых менеджеров задач в среде Linux. Поэтому полученные навыки работы с этим менеджером задач вы сможете применить на других вычислительных кластерах и суперкомпьютерах.
На этом занятии вы научитесь запускать выполнение своих скриптов на кластере, контролировать их выполнение и останавливать, если необходимо.

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Третье занятие по факультативу состоится по расписанию (28 февраля, 18 часов). На этом занятии мы продолжим разбирать основные команды Linux, поговорим о сжатии и архивировании файлов и начнём проходить написание скриптов на bash.

Начиная с этого занятия, мы будем выполнять практические задания, чтобы на реальных примерах закрепить теоретические знания из лекционной части. Все практические задания взяты из реальной научной работы биоинформатиков нашей лаборатории. Это типичные задачи, которые нужно уметь эффективно решать любому биоинформатику в повседневной работе.

Также начиная с этого занятия у нас будет вкусное какао :))

До встречи на занятии!

Уважаемые слушатели!

Второе занятие по факультативу состоится по расписанию (21 февраля, 18 часов) и будет, как и все последующие, в обычном очном формате.
Второе занятие мы начнём с Ваших вопросов по подключению к кластеру, которое мы разбирали в прошлый раз. Все должны уметь подключаться к удалённому серверу независимо от операционной системы. Затем мы будем разбирать основные команды Linux, которые являются нашими главными инструментами при работе в терминале, а также часто используются в скриптах.

До встречи на занятии!

Дорогие коллеги и студенты!

Первое занятие по факультативу (14 февраля, 18:00) будет дистанционным по Zoom, потому что я очень неудачно заболел. Всё нормально, но чтобы никого не подвергать риску заражения, мы проведём это занятие on-line.
Ниже ссылка на zoom:

Тема: Факультатив по биоинформатике
Время: 14 февр. 2025 06:00 PM Москва
Подключиться к конференции Zoom
https://us02web.zoom.us/j/88958459526

Идентификатор конференции: 889 5845 9526

Вы можете подключиться с телефона или компьютера или просто прийти в 268 аудиторию, где мы организуем трансляцию на большой экран.

До встречи на занятии!

Дорогие студенты и коллеги!

Уже через несколько дней начнётся наш факультатив по биоинформатике!

Очень символично, что в этом году первое занятие выпадает на День влюблённых 14 февраля, потому что мы очень любим код, компьютеры и биологические данные.

На наших занятиях мы придерживаемся скандинавского подхода, когда можно есть и пить чай или кофе в любое время . В этом году мы просим постоянных слушателей приходить со своими кружками, чтобы сделать наши занятия более экологичными и уменьшить объем использования одноразовых бумажных стаканчиков. Кружки можно будет оставлять в одой из кафедральных комнат и брать перед занятием.

До встречи на занятиях!

На первом занятии мы будем проходить, как подключаться к вычислительному кластеру из любого места, где есть интернет. Подробно разберём разные способы и вспомогательные программы, чтобы каждый смог выбрать для себя наиболее удобный способ в зависимости от используемой операционной системы.
Рассмотрим основные лайфхаки работы в терминале Linux, которые значительно упрощают жизнь.
Поговорим о разных редакторах кода, и если успеем, то напишем и запустим свой первый скрипт на кластере.
Обязательно затронем тему разгрузки головы и восстановления потенциала после больших умственных нагрузок. Это актуально не только для биоинформатики, но всего учебного процесса.

Наш курс факультативных занятий «Введение в практическую биоинформатику» открывает новые возможности для студентов и аспирантов, которые хотят погрузиться в мир биоинформатики. Занятия подойдут всем, кто заинтересован в изучении методов работы с генетическими данными, и не требуют предварительного опыта в биоинформатике или программировании.

В рамках курса слушатели познакомятся с основами работы в командной строке Linux, научатся писать и запускать скрипты, а также изучат основные форматы биоинформатических данных и способы их обработки. Курс предоставит участникам базовые практические навыки, которые помогут им в дальнейшем разрабатывать и анализировать биоинформационные данные.

Занятия будут проходить на кафедре генетики каждую пятницу с 18 часов в 268 аудитории.

Занятия проводятся для студентов, аспирантов и сотрудников биологического факультета бесплатно. В связи с большим числом желающих, просим слушателей заранее записываться на курс (через форму контактов сайта или по почте karbisheva@mail.ru (Елена Алексеевна Карбышева, кбн, внс, зам.зав. кафедрой генетики МГУ им. М.В.Ломоносова)).

Участие в факультативе слушателей с других факультетов МГУ им. М.В.Ломоносова, а также других учебных заведений возможно по индивидуальной договорённости с Еленой Алексеевной.

Поздравляем студентов первого курса магистратуры с успешной сдачей экзамена по спецкурсу "Компьютерные методы в генетике"!
Вы молодцы!

Дорогие сотрудники, коллеги, студенты и аспиранты!

Мы поздравляем Вас с наступающим 2025 годом!
Желаем Вам успехов и удачи во всех сферах Вашей жизни, новых горизонтов и достижений, интересных идей, вдохновения, и конечно, научных открытий!