Восьмое занятие факультатива

Прошло восьмое занятие по биоинформатике в рамках нашего кафедрального факультатива.
Присутствовало 18 слушателей.

На прошедшем занятии мы подробно разобрали графический интерфейс и функционал геномных браузеров IGV (Integrative Genomics Viewer) и UCSC (University of California, Santa Cruz).

Мы начали с самых простых, но основополагающих вопросов - способов загрузки референсного генома и анализируемых данных, значения цветов прочтений, значения стрелочек и столбчатых диаграмм, отображения генов и др. Затем мы поговорили о функциональных возможностях IGV, например, о том, как сохранять текущую сессию, делать закладки, искать заданную нуклеотидную последовательность, настраивать форматирование прочтений, загружать разные форматы файлов.

Мы также поговорили о геномном браузере Калифорнийский университет в Санта-Крузе (англ. University of California, Santa Cruz, UCSC), его обширных возможностях и о том, как скачивать необходимые треки из этого браузера и загружать их в IGV.

На практикуме мы выполнили поиск различных структурных генетических вариантов (делеции, инсерции, дупликации, инверсии) и изучили, как они выглядят в геномном браузере IGV.